Mardi 20 Octobre 2020

L'agriculture industrielle est-elle responsable du coronavirus ?


D'où vient le virus à l'origine de la pandémie actuelle? Comment est-elle arrivée sur un marché alimentaire à Wuhan, en Chine, d'où elle aurait débordé sur les humains? Les réponses à ces questions sont progressivement rassemblées, et l'histoire qu'elles racontent rend la lecture inconfortable.
Commençons par le début. Au 17 mars, nous savons que le virus Sars-CoV-2 (un membre de la famille des coronavirus à l'origine de la maladie respiratoire Covid-19) est le produit d'une évolution naturelle. Une étude de sa séquence génétique, menée par l'expert en maladies infectieuses Kristian G Andersen du Scripps Research Institute à La Jolla, en Californie, et ses collègues, exclut la possibilité qu'elle ait pu être fabriquée en laboratoire ou autrement conçue. Puff va les théories du complot.
L'étape suivante est un peu moins certaine, mais il semble probable que le réservoir animal d'origine du virus était des chauves-souris. L'équipe d'Andersen a montré - comme les Chinois avant eux - que la séquence de Sars-CoV-2 est similaire à d'autres coronavirus qui infectent les chauves-souris.

Étant donné que d'autres coronavirus de chauve-souris ont transité vers l'homme via un hôte animal intermédiaire, il semble probable que celui-ci aussi. Cet animal était probablement un animal que certains Chinois aiment manger, et qui est donc vendu sur des marchés «humides» (ceux qui vendent de la viande fraîche, du poisson, des fruits de mer et d'autres produits). Cet animal était peut-être le mammifère écailleux appelé pangolin. Cela ne peut être prouvé de manière concluante, mais plusieurs groupes ont trouvé des similitudes de séquence entre Sars-CoV-2 et d'autres coronavirus qui infectent les pangolins.
Si c'est bien la voie que le virus a empruntée aux humains, il a deux interfaces essentielles: une entre nous et l'hôte intermédiaire, peut-être un pangolin, et une entre cet hôte et les chauves-souris. Jusqu'à présent, la plupart de l'attention a été concentrée sur l'interface entre les humains et l'hôte intermédiaire, les doigts de la faute étant dirigés vers les marchés humides chinois et les habitudes alimentaires, mais les deux interfaces étaient nécessaires pour que la pandémie s'enflamme. Alors, où et comment s'est produit le débordement de la chauve-souris au pangolin - ou à un autre hôte intermédiaire sauvage ou semi-sauvage -?
«Notre étude ne fait pas directement la lumière sur l'origine géographique du virus», explique Andersen. "Cependant, toutes les preuves disponibles montrent que c'était en Chine."
L'affaire a alors été classée et le président Trump a raison d'appeler Sars-CoV-2 le «virus chinois». Eh bien, non, parce que si vous voulez comprendre pourquoi cette pandémie s'est produite maintenant et non, disons, il y a 20 ans - puisque le goût des Chinois pour ce que nous considérons en occident comme les plats exotiques n'est pas nouveau - vous devez inclure un certain nombre d'autres facteurs . «Nous pouvons blâmer l'objet - le virus, la pratique culturelle - mais la causalité se prolonge dans les relations entre les gens et l'écologie», explique le biologiste évolutionniste Rob Wallace du Agroecology and Rural Economics Research Corps à St Paul, Minnesota.

L'agriculture industrielle est-elle responsable du coronavirus ?

 
 

 Le marché de gros des fruits de mer de Huanan a été fermé à Wuhan, dans la province chinoise du Hubei, en janvier. Photographie: Noel Celis / AFP via Getty Images
À partir des années 1990, dans le cadre de sa transformation économique, la Chine a intensifié ses systèmes de production alimentaire à l'échelle industrielle. Un effet secondaire de cela, comme les anthropologues Lyle Fearnley et Christos Lynteris l'ont documenté, a été que les petits exploitants agricoles ont été débordés et expulsés de l'industrie du bétail. À la recherche d'une nouvelle façon de gagner leur vie, certains se sont tournés vers l'élevage d'espèces «sauvages» qui avaient été auparavant consommées uniquement pour leur subsistance. La nourriture sauvage a été formalisée en tant que secteur et a été de plus en plus marquée comme un produit de luxe. Mais les petits exploitants n'ont pas seulement été expulsés économiquement. Alors que les exploitations agricoles industrielles prenaient de plus en plus de terres, ces petits agriculteurs ont également été repoussés géographiquement - plus près des zones non cultivables. Plus près de la lisière de la forêt, c'est-à-dire où se cachent les chauves-souris et les virus qui les infectent. La densité et la fréquence des contacts à cette première interface ont augmenté, et donc le risque de débordement.
Il est vrai, en d'autres termes, qu'une population humaine en expansion poussant dans des écosystèmes jusque-là non perturbés a contribué à l'augmentation du nombre de zoonoses - infections humaines d'origine animale - au cours des dernières décennies. Cela a été documenté pour Ebola et le VIH, par exemple. Mais derrière ce changement en est un autre, dans la façon dont la nourriture est produite. Les modèles modernes d'agro-industrie contribuent à l'émergence de zoonoses.
Prenez la grippe, une maladie qui est considérée comme ayant un potentiel pandémique élevé, ayant causé environ 15 pandémies au cours des 500 dernières années. «Il existe clairement un lien entre l'émergence de virus de l'influenza aviaire hautement pathogènes et l'intensification des systèmes de production avicole», explique l'épidémiologiste spatial Marius Gilbert de l'Université Libre de Bruxelles en Belgique.

 
 

 Un pangolin, le mammifère écailleux considéré comme un hôte intermédiaire possible pour le coronavirus.
Les raisons, dont beaucoup ont été documentées dans le livre de Wallace 2016 Big Farms Make Big Flu, comprennent la densité avec laquelle les poulets, les dindes ou d'autres volailles sont emballés dans des fermes industrielles, et le fait que les oiseaux dans une ferme donnée ont tendance à être proches de la génétique clones les uns des autres - ayant été sélectionnés pendant des décennies pour des caractéristiques souhaitables telles que la viande maigre. Si un virus est introduit dans un tel troupeau, il peut le traverser sans rencontrer de résistance sous la forme de variantes génétiques qui empêchent sa propagation. Les manipulations expérimentales et les observations dans le monde réel ont démontré que ce processus peut entraîner un accroissement de la virulence du virus. S'il déborde ensuite sur les humains, nous sommes potentiellement en difficulté.
Dans un article publié en 2018, le groupe de Gilbert a passé en revue les «événements de conversion» historiques, comme ils les appellent - lorsqu'une souche de grippe aviaire peu pathogène est devenue beaucoup plus dangereuse et a constaté que la plupart d'entre eux s'étaient produits dans des systèmes avicoles commerciaux, et plus fréquemment dans les pays riches. L'Europe, l'Australie et les États-Unis en avaient généré plus que la Chine.
Cela ne laisse pas la Chine décrocher. Deux formes hautement pathogènes de grippe aviaire - H5N1 et H7N9 - sont apparues dans ce pays au cours des dernières décennies. Les deux infectent les humains, mais pas (encore) facilement. Les premiers cas humains de H7N9 ont été signalés en 2013, et il y a eu de petites flambées annuelles par la suite. Mais, dit Gilbert, «rien n'a été fait jusqu'à ce que le virus se révèle également pathogène pour les poulets. Ensuite, c'est devenu un problème économique important et la Chine a commencé à vacciner en masse ses volailles contre le H7N9, ce qui a mis fin à la transmission aux humains. »

 
 

 Une bannière portant la mention «Nous sommes tous des pangolins» est accrochée sur un balcon à Bordeaux, en France. Le pays tout entier est sous contrôle des coronavirus depuis le 16 mars. Photographie: Nicolas Tucat / AFP via Getty Images
La Chine est l'un des principaux exportateurs mondiaux de volaille, mais son industrie avicole n'appartient pas entièrement à la Chine. Après la récession de 2008, par exemple, la banque d'investissement new-yorkaise Goldman Sachs a diversifié ses avoirs et s'est installée dans des élevages avicoles chinois. Donc, si la Chine a sa part de responsabilité dans les retombées, elle n'est pas seule. C'est pourquoi Wallace insiste pour parler de géographies relationnelles plutôt que de géographies absolues, lorsqu'il s'agit d'identifier les causes de la maladie. Ou comme il le dit: "Suivez l'argent."
Tout le monde ne voit pas de lien direct entre l'élevage industriel et les formes nouvelles et dangereuses de grippe. Michael Worobey, biologiste évolutionniste à l'Université de l'Arizona, fait remarquer qu'avant d'être introduites dans des fermes industrielles, les volailles étaient gardées à l'extérieur. Le modèle d'usine peut augmenter la virulence, dit-il, mais il protège probablement un troupeau d'être infecté par un virus en premier lieu.
Pourtant, Worobey ne doute pas que l'agriculture et d'autres interactions homme-animal ont façonné l'écologie de notre maladie. Son groupe recueille les séquences des virus de la grippe auprès de divers hôtes animaux, y compris les humains, et les trace sur une cime familiale pour essayer de comprendre comment la grippe a évolué au fil du temps. La grippe est en constante mutation - c'est la raison pour laquelle le vaccin contre la grippe saisonnière doit être mis à jour chaque année - mais il mute à des rythmes différents dans différents hôtes, ce qui signifie que son arbre généalogique de la grippe est informatif à la fois sur la filiation et l'hôte intermédiaire de chaque souche et sur le moment approximatif des événements de débordement passés.
Il est possible - quoique nullement certain - que la grippe soit devenue une maladie humaine après les canards domestiqués chinois il y a environ 4000 ans - attirant ce réservoir animal dans les communautés humaines pour la première fois. Mais les humains peuvent également attraper la grippe et donner la grippe aux porcs - un autre animal avec lequel nous vivons depuis des millénaires. Il y a quelques années, Worobey a suggéré - de manière controversée - que les oiseaux n'étaient peut-être pas toujours le principal hôte intermédiaire des virus de la grippe humaine. Jusqu'à il y a environ un siècle, a-t-il rapporté, les gens avaient peut-être attrapé la grippe des chevaux. À l'époque où les véhicules à moteur ont supplanté les chevaux comme moyen de transport, l'aviculture se développait dans l'hémisphère occidental, et il est possible, selon Worobey, que les oiseaux soient devenus le principal hôte intermédiaire de la grippe pour les humains.
Tout le monde n'achète pas ce scénario. Wendy Barclay, virologue à l'Imperial College de Londres, affirme que si les chevaux étaient autrefois le principal hôte intermédiaire de la grippe, «la plupart des virus aviaires contiendraient l'adaptation des mammifères», et ils ne le font pas. David Morens de l'Institut national américain des allergies et des maladies infectieuses à Bethesda, Maryland, pense qu'il est plus probable que le cheval était un détour temporaire, et que le principal hôte intermédiaire de la grippe pour l'homme a toujours été les oiseaux - en particulier les oiseaux sauvages. Mais tous conviennent que les humains ont façonné ces relations hôte-pathogène, grâce à notre utilisation de la terre et d'autres espèces animales. Et comme le souligne Worobey, la taille même de la population humaine signifie qu'au 21e siècle, nous le faisons à une échelle sans précédent. Il estime, par exemple, que les canards domestiques sont probablement plus nombreux que les canards sauvages à l'heure actuelle.

 
 

 Les commerçants vendant de la viande de chauve-souris sur un marché de la ville de Tomohon, en Indonésie. Photographie: Ronny Adolof Buol / Images Sijori via Zuma Wire / Rex / Shutterstock
Et nous ne parlons pas seulement des oiseaux. Gilbert pense qu'un accroissement de la virulence virale se produit également dans les troupeaux de porcs. Le syndrome reproducteur et respiratoire du porc (SDRP), une maladie des porcs qui a été décrite pour la première fois aux États-Unis à la fin des années 1980, s'est propagé depuis à des troupeaux à travers le monde et les souches détectées récemment en Chine sont plus virulentes que les premières américaines. Une étude réalisée en 2015 par Martha Nelson du National Institutes of Health des États-Unis et ses collègues a cartographié les séquences génétiques des virus de la grippe porcine et a constaté que l'Europe et les États-Unis - les plus grands exportateurs mondiaux de porcs - sont également les plus grands exportateurs de la grippe porcine.
Il y a eu des allégations sur les réseaux sociaux, parfois publiées par des végétaliens, selon lesquelles si nous avions mangé moins de viande, il n'y aurait pas eu de Covid-19. Il est intéressant de noter que certains d'entre eux ont été bloqués par les grands médias comme «partiellement faux». Mais les affirmations sont également partiellement vraies. Bien que les liens qu'ils établissent soient trop simplistes, les preuves sont maintenant solides que la façon dont la viande est produite - et pas seulement en Chine - a contribué à Covid-19.
Il est clair que pour empêcher ou au moins ralentir l'émergence de nouvelles zoonoses, comme l'ont fait valoir Fearnley et Lynteris, les marchés humides de la Chine devront être mieux réglementés. Mais nous devons aussi regarder derrière ces marchés, comment nos aliments sont produits à l'échelle mondiale.
Bien que cela ne puisse plus ressembler à ça maintenant, dit Wallace, nous avons eu de la chance avec Sars-CoV-2. Il semble être beaucoup moins meurtrier que le H7N9 - qui tue environ un tiers de ceux qu'il infecte - ou le H5N1, qui tue encore plus. Cela nous donne l'occasion, dit-il, de remettre en question nos choix de vie - parce que le poulet n'est pas bon marché s'il coûte un million de vies - et de voter pour des politiciens qui tiennent l'agro-industrie à des normes plus élevées de durabilité écologique, sociale et épidémiologique. «Avec un peu de chance», dit-il, «cela changera nos notions sur la production agricole, l'utilisation des terres et la conservation.»

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