Lundi 26 Octobre 2020

Comment le coronavirus a-t-il commencé et d'où vient-il ? Était-ce vraiment le marché aux animaux de Wuhan ?


Dans l'esprit du public, l'histoire d'origine du coronavirus semble bien fixée: fin 2019, quelqu'un au désormais célèbre marché des fruits de mer de Huanan à Wuhan a été infecté par un virus provenant d'un animal.
Le reste fait partie d'une horrible histoire encore en préparation, Covid-19 s'étendant de ce premier cluster dans la capitale de la province chinoise du Hubei à une pandémie qui a tué environ 80 000 personnes jusqu'à présent.
Des séquences d'archives de pangolins - un mammifère écailleux qui ressemble à un fourmilier - sont parvenues aux bulletins d'information, suggérant que cet animal était le relais du virus avant qu'il ne se propage à l'homme.

Mais il y a une incertitude sur plusieurs aspects de l'histoire de l'origine de Covid-19 que les scientifiques s'efforcent de démêler, y compris les espèces qui l'ont transmise à l'homme. Ils essaient fort parce que savoir comment une pandémie commence est une clé pour arrêter la prochaine.
Le professeur Stephen Turner, chef du département de microbiologie à l'Université Monash de Melbourne, dit que le plus probable est que le virus provient des chauves-souris.
Mais c'est là que sa certitude s'arrête, dit-il.
Dans l'hypothèse que le virus a émergé sur le marché des animaux vivants de Wuhan à partir d'une interaction entre un animal et un humain, Turner dit: "Je ne pense pas que ce soit concluant en aucune façon."
"Une partie du problème est que les informations ne sont aussi bonnes que la surveillance", dit-il, ajoutant que des virus de ce type circulent tout le temps dans le règne animal.
Le fait que le virus ait infecté un tigre dans un zoo de New York montre comment les virus peuvent se déplacer entre les espèces, dit-il. «Il est important de comprendre l'étendue des espèces que ce virus peut infecter car il nous aide à préciser d'où il pourrait provenir.»
Les scientifiques disent qu'il est très probable que le virus provienne des chauves-souris, mais qu'il a d'abord traversé un animal intermédiaire de la même manière qu'un autre coronavirus - l'épidémie de Sars en 2002 - est passé des chauves-souris en fer à cheval aux civettes ressemblant à des chats avant d'infecter les humains.

 
 

 Les pangolins sont «le mammifère le plus vendu illégalement au monde». Photographie: Themba Hadebe / AP
Un animal impliqué comme hôte intermédiaire entre les chauves-souris et les humains est le pangolin. L'Union internationale pour la conservation de la nature affirme qu'ils sont «le mammifère le plus commercialisé illégalement au monde» et sont appréciés pour leur viande et les propriétés médicinales revendiquées de leurs écailles.
Comme indiqué dans Nature, les pangolins ne figuraient pas dans l'inventaire des articles vendus à Wuhan, bien que cette omission puisse être délibérée car il est illégal de les vendre.
"Que le pauvre pangolin soit l'espèce à laquelle il a sauté, ce n'est pas clair", dit Turner. "Il est mélangé à autre chose, mélangé à un pauvre pangolin, ou il a sauté dans les gens et a évolué dans les gens."
Le professeur Edward Holmes, de l'Université de Sydney, a été co-auteur d'une étude sur la nature qui a examiné les origines probables du virus en examinant son génome. Sur les réseaux sociaux, il a souligné que l'identité de l'espèce qui servait d'hôte intermédiaire au virus est «encore incertaine».
Une étude statistique a examiné une caractéristique du virus qui a évolué pour lui permettre de s’accrocher aux cellules humaines. Les pangolins ont pu développer cette caractéristique, tout comme les chats, les buffles, les bovins, les chèvres, les moutons et les pigeons.

Une autre étude a prétendu avoir exclu les pangolins en tant qu'intermédiaire, car les échantillons de virus similaires prélevés sur les pangolins manquaient d'une chaîne d'acides aminés observés dans le virus qui circule maintenant chez l'homme.
L'étude sur laquelle Holmes a travaillé a suggéré que le scénario dans lequel un humain au marché de Wuhan interagissait avec un animal porteur du virus n'était qu'une version potentielle de l'histoire d'origine de Covid-19. Un autre était la possibilité qu'un descendant du virus saute chez l'homme et s'adapte ensuite à mesure qu'il se transmet d'homme à homme.
"Une fois acquises, ces adaptations permettraient à la pandémie de décoller et de produire un groupe suffisamment important de cas pour déclencher le système de surveillance qui l'a détectée", selon l'étude.
L'analyse des 41 premiers patients de Covid-19 dans la revue médicale The Lancet a révélé que 27 d'entre eux étaient directement exposés au marché de Wuhan. Mais la même analyse a révélé que le premier cas connu de la maladie n'était pas.
Cela pourrait être une autre raison de douter de l'histoire établie.
Le professeur Stanley Perlman, un immunologiste de premier plan à l'Université de l'Iowa et un expert des précédentes épidémies de coronavirus provenant d'animaux, dit que l'idée que le lien avec le marché de Wuhan est une coïncidence "ne peut être exclue" mais cette possibilité "semble moins probable" parce que le matériel génétique du virus avait été trouvé sur le marché.
Perlman a déclaré à Guardian Australia qu'il croyait qu'il y avait un animal intermédiaire, mais ajoute que même si les pangolins sont des candidats possibles, ils "ne sont pas prouvés être l'intermédiaire clé".
"Je soupçonne que toute évolution [of the virus] s'est produit chez l'animal intermédiaire s'il y en avait un. Il n'y a eu aucun changement substantiel dans le virus au cours des trois mois de la pandémie, ce qui indique que le virus est bien adapté aux humains. »
Les marchés dits humides - où les animaux vivants sont commercialisés - ont été impliqués dans des épidémies antérieures de coronavirus, en particulier de Sars.

Le Dr Michelle Baker, immunologiste au CSIRO qui étudie les virus chez les chauves-souris, dit que certaines des recherches sur les origines de Covid-19 se sont éloignées de ce que l'on savait du passé.
Mais "nous ne savons vraiment pas" à quel point l'histoire d'origine est précise, dit-elle: "Il y a une sorte de connexion [to the Wuhan market] et il y avait des personnes exposées au marché qui étaient infectées. »
Baker dit que ce qui est «très probable», c'est que le virus est originaire d'une chauve-souris. «C'est un scénario probable mais nous ne le saurons jamais. Le marché a été nettoyé assez rapidement. Nous ne pouvons que spéculer. »
«Ces marchés humides ont été identifiés comme un problème parce que certaines espèces interagissent», dit-elle. "C’est l’occasion de mettre en évidence leurs dangers et de les réprimer."
Turner ajoute: "Nous avons trouvé les ancêtres du virus, mais une connaissance plus large du coronavirus chez d'autres espèces pourrait nous donner un indice sur l'évolution de cette chose et comment elle a sauté."

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