Mardi 27 Octobre 2020

Les enquêtes sur les anticorps suggérant un vaste sous-dénombrement des infections à coronavirus peuvent ne pas être fiables


Des chercheurs de l'Université de Stanford ont effectué des analyses de sang dans le comté de Santa Clara, près de Los Angeles, pour révéler la prévalence des anticorps dirigés contre le coronavirus pandémique.
  
          
                          
            
  
      Ray Chavez / MediaNews Group / The Mercury News via Getty Images
          
              
    
  
  
    
          
  Par Gretchen VogelApr. 21, 2020, 18:30
Science's Les rapports COVID-19 sont pris en charge par le Pulitzer Center.
En enquêtant sur de larges pans du public à la recherche d'anticorps dirigés contre le nouveau coronavirus, on peut montrer à quel point les infections non diagnostiquées sont répandues, à quel point le virus est mortel et si une proportion suffisante de la population est devenue immunisée pour que les mesures de distanciation sociale soient atténuées. Mais le premier lot de résultats a généré plus de controverse que de clarté.

Les résultats de l'enquête, en provenance d'Allemagne, des Pays-Bas et de plusieurs sites aux États-Unis, révèlent que de 2% à 30% de certaines populations ont déjà été infectées par le virus. Les chiffres impliquent que les cas confirmés de COVID-19 représentent une fraction encore plus petite du nombre réel de personnes infectées que beaucoup ne l'avaient estimé et que la grande majorité des infections sont bénignes. Mais de nombreux scientifiques remettent en question l'exactitude des tests d'anticorps et se plaignent que plusieurs des groupes de recherche ont annoncé leurs résultats dans la presse plutôt que dans des prépublications ou des articles publiés, où leurs données pourraient être examinées. Les critiques se méfient également parce que certains des chercheurs plaident officiellement en faveur de l'arrêt précoce des blocages et d'autres mesures de contrôle, et affirment que les nouveaux chiffres de prévalence soutiennent cet appel.

Les enquêtes sur les anticorps suggérant un vaste sous-dénombrement des infections à coronavirus peuvent ne pas être fiables

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Certains observateurs avertissent que la marche du coronavirus à travers la population ne fait que commencer, et que même si les résultats en anticorps peuvent être crus, ils ne justifient pas un assouplissement des contrôles. «Vous auriez espéré 45%, voire 60% de positifs», explique Mark Perkins, expert en diagnostic à l'Organisation mondiale de la santé. «Cela signifierait qu'il y a beaucoup de transmission silencieuse et beaucoup d'immunité dans la population. Il semble malheureusement que ce ne soit pas vrai. Même les nombres élevés sont relativement petits. »

Les nombreux tests académiques et commerciaux pour les anticorps anti-coronavirus sont toujours en cours de perfectionnement et de validation. Ils peuvent montrer si le système immunitaire d’une personne a rencontré le virus. Mais parce que personne ne sait quel niveau d'anticorps, le cas échéant, confère une protection contre le nouveau virus, les tests ne peuvent pas dire si une personne est immunisée contre une infection future. Et personne ne sait combien de temps une telle immunité pourrait durer.

Une enquête allemande sur les anticorps a été la première franchie il y a plusieurs semaines. Lors d'une conférence de presse le 9 avril, le virologue Hendrik Streeck de l'Université de Bonn a annoncé les résultats préliminaires d'une ville d'environ 12 500 habitants à Heinsberg, une région d'Allemagne qui avait été durement touchée par COVID-19. Il a déclaré aux journalistes que son équipe avait trouvé des anticorps contre le virus dans 14% des 500 personnes testées. En comparant ce nombre avec les décès enregistrés dans la ville, l'étude a suggéré que le virus ne tue que 0,37% des personnes infectées. (Le taux de grippe saisonnière est d'environ 0,1%.) L'équipe a conclu dans un résumé de deux pages que «15% de la population ne peut plus être infectée par le SRAS-CoV-2, et le processus pour atteindre l'immunité collective est déjà en cours. . " Ils ont recommandé que les politiciens commencent à lever certaines des restrictions des régions.

Streeck avait soutenu avant même l’étude que le virus est moins grave que prévu et que les effets de longs arrêts peuvent être tout aussi mauvais, sinon pires, que les dommages que le virus pourrait causer. Cependant, Christian Drosten, virologue à l'hôpital universitaire de la Charité à Berlin, a déclaré aux journalistes plus tard dans la journée qu'aucune conclusion significative ne pouvait être tirée de l'étude sur les anticorps sur la base des informations limitées présentées par Streeck. Drosten a cité l'incertitude quant au niveau d'anticorps qui assure la protection et a noté que l'étude a échantillonné des ménages entiers. Cela peut conduire à une surestimation des infections, car les personnes vivant ensemble s'infectent souvent les unes les autres.

Streeck et ses collègues ont affirmé que le test d'anticorps commercial qu'ils utilisaient avait «plus de 99% de spécificité», mais un groupe danois a découvert que le test produisait trois faux positifs dans un échantillon de 82 contrôles, pour une spécificité de seulement 96%. Cela signifie que dans l'échantillon de Heinsberg de 500, le test aurait pu produire plus d'une douzaine de faux positifs sur environ 70 que l'équipe a trouvés.

Une étude sérologique californienne de 3300 personnes publiée la semaine dernière dans une prépublication a également suscité de vives critiques. Les principaux auteurs de l'étude, Jay Bhattacharya et Eran Bendavid, qui étudient les politiques de santé à l'Université de Stanford, ont travaillé avec des collègues pour recruter les résidents du comté de Santa Clara via des publicités sur Facebook. Cinquante tests d'anticorps étaient positifs - environ 1,5%. Mais après avoir ajusté les statistiques pour mieux refléter la démographie du comté, les chercheurs ont conclu qu'entre 2,49% et 4,16% des habitants du comté avaient probablement été infectés. Cela suggère, disent-ils, que le nombre réel d'infections atteignait 80 000. C'est plus de 50 fois plus que les tests de gènes viraux l'avaient confirmé et implique un faible taux de mortalité - une raison de se demander si des interdictions strictes valent la peine, affirment Bendavid et le co-auteur John Ioannidis, qui étudie la santé publique à Stanford.

Le jour de la publication de la prépublication, le co-auteur Andrew Bogan, un spécialiste du capital-risque titulaire d'un doctorat en biologie moléculaire, a publié un éditorial dans le Wall Street Journal demandant: «Si les décideurs étaient conscients dès le départ que le Covid- Le bilan des décès serait plus proche de celui de la grippe saisonnière… auraient-ils risqué des dizaines de millions d'emplois et de moyens de subsistance? » Il n'a pas révélé son rôle dans l'étude.

Pourtant, les discussions sur Twitter et les articles de blog ont décrit une litanie de problèmes apparents avec l'étude de Santa Clara. Le recrutement via Facebook a probablement attiré des personnes présentant des symptômes similaires à COVID-19 qui voulaient être testées, augmentant ainsi le taux positif apparent. Étant donné que le nombre absolu de tests positifs était si petit, les faux positifs étaient peut-être presque aussi courants que les infections réelles. L'étude a également eu relativement peu de participants issus des populations à faible revenu et des minorités, ce qui signifie que les ajustements statistiques que les chercheurs ont effectués pourraient être loin. «Je pense que les auteurs de l'article nous doivent tous des excuses», a écrit Andrew Gelman, statisticien et politologue à l'Université Columbia dans un commentaire en ligne. Les chiffres «étaient essentiellement le produit d'une erreur statistique». Bhattacharya dit qu'il prépare une annexe qui répond aux critiques. Mais, dit-il, "L'argument selon lequel le test n'est pas suffisamment spécifique pour détecter de vrais positifs est profondément erroné."

Bhattacharya et Bendavid ont également collaboré avec Neeraj Sood, un expert en politique de la santé à l'Université de Californie du Sud, pour effectuer une étude similaire dans le comté de Los Angeles. Ils ont utilisé le même test d'anticorps sur 846 personnes sélectionnées par une société de marketing pour représenter la démographie du comté. Dans un communiqué de presse publié cette semaine, ils ont estimé qu'environ 4% de la population adulte du comté avait des anticorps contre le virus, soit jusqu'à 300 000 personnes. (Sood a déclaré à Science que 35 sujets étaient positifs.)

Aux Pays-Bas, une autre étude sérologique a produit un chiffre similaire pour la prévalence des anticorps qui a été révélé à la Chambre des représentants du pays le 16 avril. Hans Zaaijer, virologue à Sanquin, la banque nationale de sang néerlandaise, qui a aidé à mener l'étude, a déclaré que l'équipe avait utilisé un test commercial, qui "montre systématiquement des résultats supérieurs" dans les études de validation, mais n'a pas fourni plus de détails. Les résultats montrent clairement que le pays n'est pas encore proche de l '«immunité collective» que certains espéraient. Néanmoins, le gouvernement a déclaré le 21 avril qu’il commencerait à lever certaines restrictions dans les semaines à venir, en ouvrant des écoles élémentaires et en permettant aux équipes sportives des enfants de pratiquer.

Une petite étude dans la banlieue de Boston à Chelsea a trouvé jusqu'à présent la plus forte prévalence d'anticorps. Invités par le nombre impressionnant de patients COVID-19 de leurs collègues de Chelsea, les pathologistes du Massachusetts General Hospital John Iafrate et Vivek Naranbhai ont rapidement organisé une enquête sérologique locale. En 2 jours, ils ont prélevé des échantillons de sang sur 200 passants au coin d'une rue. Ce soir-là, ils ont traité les échantillons et ont partagé les résultats avec un journaliste du Boston Globe. Soixante-trois étaient positifs - 31,5%. Le résultat comporte plusieurs mises en garde importantes. L'équipe a utilisé un test dont le fabricant, BioMedomics, dit qu'il a une spécificité d'environ 90% seulement, bien que Iafrate affirme que les propres tests de validation de MGH ont trouvé une spécificité supérieure à 99,5%. Et les piétons sur un seul coin "ne sont pas un échantillon représentatif" de la ville, reconnaît Naranbhai.

La paire affirme qu'un document décrivant les résultats de l'équipe a été soumis à un journal, mais ils ont d'abord partagé les données avec le Boston Globe parce que "nous pensions qu'il y avait un problème urgent de contrôle des infections à Chelsea qui justifiait de diffuser les informations". Les chercheurs de Boston ne pensent cependant pas que les quarantaines devraient être allégées. Un meilleur confinement est nécessaire de toute urgence à Chelsea, disent-ils, pour aider à prévenir la propagation à la fois au sein de la communauté et dans la grande région de Boston.

Même si les enquêtes sur les anticorps montrent un taux de mortalité par COVID-19 bien inférieur à 1%, explique Michael Osterholm, expert en maladies infectieuses à l'Université du Minnesota, Twin Cities, des mesures de contrôle seront nécessaires pendant longtemps pour éviter que les hôpitaux ne soient submergés. «Les données de séroprévalence ne font que confirmer le défi auquel nous sommes confrontés. Les données [these studies] sont en train de générer… montre à quel point c'est difficile. »