Lundi 26 Octobre 2020

Des études sur l'évolution des coronavirus engendrent des controverses


Un graphique généré par Nextstrain montre comment différentes variantes du coronavirus SARS-CoV-2 se sont propagées dans le monde. Les stries violettes montrent où le virus a été transmis de la Chine, les stries vertes et jaune-vert montrent la transmission de l'Europe et les stries rouges montrent la transmission des États-Unis. (Graphique Nextstrain.org) Le coronavirus derrière COVID-19 se transforme-t-il en un pathogène plus insidieux? Ou ces affirmations sont-elles exagérées?
Un débat rapide sur l'évolution du virus illustre comment les rapports non encore vérifiés sur le cours de l'épidémie de coronavirus peuvent aller, euh, viraux - et à quel point les canaux de médias sociaux sont devenus importants dans la discussion mondiale sur la science derrière la pandémie.
La nature du SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, est d'un grand intérêt parce que la maladie est si mortelle et perturbatrice: à ce jour, l'Université Johns Hopkins rapporte près de 3,7 millions de cas confirmés dans le monde, avec un un bilan mondial de plus de 250 000 morts. Les États-Unis comptent à ce jour 1,2 million de cas et 71 000 décès, et ce bilan pourrait doubler avant que le pire ne soit passé.
Chaque jour, plusieurs centaines de nouvelles études sur le SRAS-CoV-2 et COVID-19 - dont la plupart n'ont pas encore suivi le processus traditionnel d'examen par les pairs - sont mises en ligne pour faire l'objet d'un examen minutieux de la part des chercheurs et d'un large éventail du grand public. .
Une étude a obtenu plus que la traction habituelle aujourd'hui: le projet de recherche, dirigé par des scientifiques du Los Alamos National Laboratory et de l'Université de Sheffield, a examiné la façon dont 14 variantes du virus se sont propagées à travers le monde.
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Le document résultant a été déposé sur le serveur de préimpression BioRxiv la semaine dernière mais n'a pas encore été évalué par des pairs. Il a conclu qu'une variante particulière connue sous le nom de D614G est «d'une préoccupation urgente». Cette variante, un descendant d'une forme du virus qui a commencé en Chine, a commencé à se répandre en Europe début février et a finalement fait le saut dans d'autres parties du monde.
"Lorsqu'il est introduit dans de nouvelles régions, il devient rapidement et à plusieurs reprises la forme dominante", ont noté les chercheurs.
La crainte était que le virus ait évolué pour devenir plus transmissible et que les interventions visant à juguler la pandémie ne soient pas aussi efficaces qu’on l’espérait. Les personnes qui ont survécu à un combat avec une variante du virus pourraient encore être la proie de la variante de plus en plus dominante, ont déclaré les chercheurs.
"Nous ne pouvons pas nous permettre d'être aveugles alors que nous passons les vaccins et les anticorps aux tests cliniques", a déclaré l'auteur principal de l'étude, Bette Korber, dans un article sur Facebook cité par le Los Angeles Times. "Veuillez être encouragés en sachant que la communauté scientifique mondiale est à ce sujet, et nous coopérons les uns avec les autres d'une manière que je n'ai jamais vue ... au cours de mes 30 années en tant que scientifique."
Il n’a pas fallu longtemps à la communauté scientifique pour commencer à évaluer les conclusions de l’équipe - et la manière dont elles étaient communiquées au grand public. Le virologue Brian Wasik de l'Université Cornell n'a tiré aucun coup de poing sur Twitter:

Cet article LATimes est ENFURIANT. Tant de désinformation basée uniquement sur cette préimpression. Ils ont pris des citations de la PAGE PERSONNELLE DE FACEBOOK de l'auteur. Une citation anonyme selon laquelle il s'agit d'une «évolution darwinienne classique». Commentaire sur la charge virale et la pathogenèse d'un toxicologue. pic.twitter.com/dN2T4oYOCa
- Brian Wasik (@BrianRWasik) 5 mai 2020
Et il n'était pas seul. Angela Rasmussen, de l'Université de Columbia, a déclaré que le rapport avait fait bouillir son sang. "Il n'y a aucune preuve que la souche dominante est telle parce qu'elle est" plus contagieuse "", a-t-elle tweeté.
Bill Hanage de l'Université de Harvard a présenté une autre explication dans son propre fil Twitter, publié vendredi. Il a soutenu que le D614G était peut-être devenu la variante dominante du virus simplement en raison d'un lancer métaphorique des dés:

Des études sur l'évolution des coronavirus engendrent des controverses

Cette préimpression a retenu l'attention. Il affirme que le virus du SRAS-CoV-2 est en train de muter en une forme plus transmissible à mesure que la pandémie se poursuit. Je pense que ces affirmations sont suspectes, pour le moins https://t.co/pmL7neWzR7 1 / n
- Bill Hanage (@BillHanage) 2 mai 2020

Observation majeure: une mutation spécifique de la protéine de pointe du virus a été observée dans une fraction plus élevée des cas, la pandémie s'étant répandue à plusieurs endroits. Étant donné le rôle de la protéine de pointe dans l'entrée du virus dans les cellules, cela pourrait être raisonnable. Maintenant pour l'eau froide 2 / n
- Bill Hanage (@BillHanage) 2 mai 2020

Nous devons distinguer entre la sélection, dans laquelle une variante devient plus courante car elle laisse plus de descendants, et les effets fondateurs dans lesquels une variante devient plus courante parce qu'elle a eu la chance de lancer les dés 3 / n
- Bill Hanage (@BillHanage) 2 mai 2020

par cela, je veux dire que cette variante aurait pu avoir de la chance et a été introduite très tôt dans des endroits en dehors de Wuhan et dans différentes approches de la distanciation sociale. Il ne s'agit pas du virus, c'est de l'environnement et des opportunités de transmission 4 / n
- Bill Hanage (@BillHanage) 2 mai 2020
Vous devrez lire l'intégralité du fil de 15 tweets pour savoir comment Hanage utilise les données de l'État de Washington pour sauvegarder sa vue. Voici son bilan: «À l'heure actuelle, il existe de meilleures façons de lutter contre la pandémie que de se soucier des différentes souches définies par un SNP non synonyme. … Si quelqu'un qui ne sait pas ce que c'est déjà google «non-synonyme de SNP», je serai ravi. »
Mais attendez… il y a plus: cet après-midi a amené un verdict plus ambigu de Trevor Bedford, l'épidémiologiste du Fred Hutchinson Cancer Research Center de Seattle qui a commencé à suivre l'évolution des coronavirus en janvier. Depuis lors, lui et ses collègues de Nextstrain et de la Seattle Flu Study ont comparé les empreintes génétiques de variantes virales pour cartographier leur propagation dans le monde.
Bedford a déclaré qu'il existe des preuves pour étayer les affirmations de Korber et de ses collègues, mais que l'affaire est "loin d'être concluante". Il a également souligné que le D614G ne semble pas être plus dangereux que les autres variantes, même s'il est actuellement plus dominant. Voici le fil complet:

Je voulais aborder l'hypothèse avancée dans Korber et al (https://t.co/ouM4IUyNrd) selon laquelle la mutation de la protéine de pointe D614G provoque une augmentation de la transmissibilité du virus SARS-CoV-2. Je trouve cette hypothèse plausible, mais loin d'être prouvée. 1/16
- Trevor Bedford (@trvrb) 6 mai 2020

J'ai observé D614G de près car les mutations de la protéine de pic méritent une attention supplémentaire en raison du rôle du pic dans la liaison au récepteur ACE2 humain. 2 / 16https: //t.co/SrQWpUwjfQ
- Trevor Bedford (@trvrb) 6 mai 2020

Cette mutation D614G s'est produite dans la chaîne de transmission qui a initialement déclenché l'éclosion européenne en ~ janvier 2020. Presque tous les virus possédant cette mutation sont issus de cette introduction initiale en Europe. 3/16 pic.twitter.com/ASV0j8Ubf3
- Trevor Bedford (@trvrb) 6 mai 2020

Les virus européens sont enrichis en D614G en raison d'un effet fondateur dans lequel l'introduction initiale incluait cette mutation. Si nous regardons la distribution géographique de D vs G dans les virus séquencés, nous voyons l'Europe avec G, l'Asie en grande partie D et un mélange aux États-Unis et en Australie. 4/16 pic.twitter.com/W6gDFu3OZ2
- Trevor Bedford (@trvrb) 6 mai 2020

La principale constatation de Korber et al. Est que le D614G semble augmenter en fréquence au fil du temps dans les génomes séquencés du SRAS-CoV-2. Je mets fortement en garde contre l'interprétation des effets sélectifs de la fréquence globale du D614G. 5/16
- Trevor Bedford (@trvrb) 6 mai 2020

Sa fréquence mondiale est fortement confondue avec les circonstances épidémiologiques, c'est-à-dire que G est peut-être répandu parce qu'il a eu de la chance dans l'introduction européenne. Cependant, les fréquences régionales devraient être plus robustes à cette confusion (mais pas parfaitement). 6/16
- Trevor Bedford (@trvrb) 6 mai 2020

Cette figure récapitule les résultats de Korber et al en utilisant @nextstrain. Ici, j'ai montré des états aux États-Unis et en Australie avec plus de 70 séquences disponibles et notre estimation de la fréquence de D (vert) vs G (jaune) du 1er mars au 15 avril. 7/16 pic.twitter.com/gGdjt88Lv8
- Trevor Bedford (@trvrb) 6 mai 2020

Vous pouvez voir que dans tous les cas, la fréquence de G augmente au cours de ces 45 jours. 8/16 pic.twitter.com/1Oelq6SqvF
- Trevor Bedford (@trvrb) 6 mai 2020

Il est encore très possible que ce modèle puisse émerger d'introductions répétées d'Europe / NYC aux États-Unis diffusant la variante G et d'introductions multiples d'Europe diffusant G en Australie. 9/16
- Trevor Bedford (@trvrb) 6 mai 2020

L'autre explication avancée par Korber et al est que ce modèle est dû au fait que la variante G est plus transmissible. Je pense que c'est possible, mais il est difficile de distinguer ces hypothèses avec ces seules données de fréquence. 10/16
- Trevor Bedford (@trvrb) 6 mai 2020

Des preuves supplémentaires de l'hypothèse d'un effet fonctionnel du D614G proviennent de l'observation de Korber et al. Que la variante G a une valeur de seuil de cycle (Ct) inférieure dans les échantillons cliniques de Sheffield. Cela indique une possible charge virale plus élevée chez ces individus. 11/16 pic.twitter.com/bDj4zwKJhN
- Trevor Bedford (@trvrb) 6 mai 2020

Grâce au travail de @wcassias et @pavitrarc, nous voyons cette différence de Ct entre D et G répliquée dans les échantillons @UWVirology. Analyse préliminaire ici: https://t.co/EyOhTNSmIy. 12/16 pic.twitter.com/O0zt849vr5
- Trevor Bedford (@trvrb) 6 mai 2020

Il y a aussi des facteurs de confusion à s'inquiéter ici (principalement le temps écoulé entre le début des symptômes et la collecte des échantillons), mais je pense que la réplication dans deux populations d'étude suggère un effet de D vs G sur la valeur Ct et peut-être la charge virale. 13/16
- Trevor Bedford (@trvrb) 6 mai 2020

Korber et al et notre analyse ne montrent aucun effet mesurable sur les résultats des patients. Par conséquent, l'hypothèse à ce stade est entièrement en termes de transmissibilité plutôt que de gravité. 14/16
- Trevor Bedford (@trvrb) 6 mai 2020

Dans l'ensemble, je renvoie tout le monde à l'article de @ edyong209 sur la gestion de l'incertitude pendant la pandémie (https://t.co/QRAw8l37JA). Je ne suis pas d'accord avec les prises de vue qu'il n'y a "aucune preuve" que G est plus transmissible. Il existe des preuves, mais elles sont loin d'être concluantes. 15/16
- Trevor Bedford (@trvrb) 6 mai 2020

Nous devons vivre avec cette incertitude sur l'impact fonctionnel du D614G pendant que davantage de données sont collectées. Nous avons besoin de: 1. Études de culture cellulaire pour démontrer l'effet in vitro2. D'autres comparaisons cliniques entre les patients atteints de D vs G3. Analyse épidémiologique plus approfondie16 / 16
- Trevor Bedford (@trvrb) 6 mai 2020
Pour les personnes qui souhaitent suivre ces discussions de près, il y a un avantage qui va au-delà des questions immédiates sur la transmissibilité et les variations du virus. Avec le bon type de perspective, la combinaison de la recherche brute et de l'évaluation des médias sociaux peut fournir un aperçu de la façon dont la saucisse scientifique est fabriquée, de la même manière que ces figurines à l'ancienne «Visible Human» ont fourni une transparence littérale pour le cours d'anatomie.
Bedford lui-même s’est émerveillé de la rapidité avec laquelle les choses ont changé lors d’une session lors de la réunion annuelle de février de l’American Association for the Advancement of Science à Seattle.
"C’est une façon très intéressante pour la science de procéder, de la faire être très rapide et ouverte comme elle le fait, et pas seulement d’attendre un an plus tard que le document soit publié", a-t-il déclaré. «Cela reflète généralement ce qui se passe avec la communication scientifique entourant l'épidémie, où tout est en quelque sorte inversé. … Ce fut une rencontre incroyable de scientifiques du monde entier. »
Les dernières semaines ont montré à quel point le processus scientifique peut être compliqué, mais elles ont également montré comment fonctionnent ses mécanismes de correction des erreurs. Et c'est une bonne chose, même si cela signifie faire face à des troubles sur Twitter.