Mardi 7 Juillet 2020

Des laboratoires à travers les États-Unis se joignent à une initiative fédérale pour étudier le génome du coronavirus


Les Centers for Disease Control and Prevention ont annoncé jeudi une initiative nationale pour accélérer la recherche sur la propagation du coronavirus à travers le pays, réunissant au moins 75 institutions de santé publique, universitaires et commerciales étudiant son génome.Comme le virus se réplique, de minuscules mutations s'accumulent dans son code génétique. Ces différences aident les scientifiques à retracer les modes de transmission et à enquêter sur les épidémies. Ils permettent également de comprendre comment le virus évolue, ce qui peut affecter la précision des tests de diagnostic et l'efficacité des traitements et des vaccins. Historiquement, les laboratoires qui étudient les génomes des agents pathogènes n'ont publié que des informations générales à leur sujet, souvent dans des revues universitaires. Les lois sur la confidentialité des patients dans certains États ont également limité les détails qu'ils pouvaient fournir. Mais cela a commencé à changer ces dernières années avec les maladies d'origine alimentaire, car les responsables ont réalisé que le partage public des séquences de gènes permettait aux scientifiques de trouver des liens plus rapidement et de réagir pour sauver des vies.Les séquences de gènes sont également partagées pour aider à suivre la grippe, et les responsables les ont utilisées pour répondre aux épidémies d'Ebola en Afrique de l'Ouest il y a plusieurs années et, plus récemment, en République démocratique du Congo. Le nouvel effort, annoncé par le CDC sur son site Web, s'appuie sur cette approche. Le Dr Robert R. Redfield, directeur du CDC, a déclaré dans un communiqué qu'il était convaincu que «les esprits les plus talentueux et les plus compétents du pays travailleraient ensemble pour nous aider à sauver des vies aujourd'hui et demain.» «Les États-Unis sont le leader mondial en séquençage rapide avancé du génome. Cet effort coordonné entre nos laboratoires de santé publique publics, privés, cliniques et universitaires jouera un rôle essentiel dans la compréhension de la transmission, de l'évolution et du traitement du SRAS-CoV-2 », a-t-il déclaré en utilisant le nom technique du virus qui cause Covid- 19.Les laboratoires participants se sont engagés à publier leurs informations dans le domaine public rapidement et de manière standard, dans le cadre d'une initiative appelée Sphères. (Le nom du projet est un acronyme: Sequencing for Public Health Emergency Response, Epidemiology and Surveillance.) Les séquences qu'ils partagent seront utilisées pour la surveillance, les interventions d'urgence et la recherche appliquée, selon l'agence fédérale Pavitra Roychoudhury, scientifique à l'Université du département de virologie de Washington et du Fred Hutchinson Cancer Research Center, aide à coordonner le travail de ses institutions avec Sphères. Elle a déclaré dans un e-mail que le projet, qui a été lancé début avril avant d'être annoncé, avait déjà «eu un impact tangible sur le nombre de séquences que nous pouvons déposer et mettre à la disposition du public au quotidien». Elle et ses collègues, ainsi que des chercheurs de certains autres laboratoires, séquencent des échantillons depuis des mois, fournissant des informations sur les origines et la propagation du virus aux États-Unis. "Nous avons partagé ce que nous avons appris" avec d'autres membres du consortium, a-t-elle déclaré. Les séquences elles-mêmes signifient peu sans contexte. Le consortium vise à normaliser les informations qui doivent accompagner chaque séquence, telles que le lieu et le moment où un échantillon a été prélevé, des détails d'une importance cruciale pour utiliser les données. Le Dr Roychoudhury a déclaré que le groupe discutait de la façon dont il pourrait présenter les données d'une manière qui aide «les chercheurs du monde entier qui pourraient vouloir les utiliser pour concevoir des vaccins et des thérapies». D'autres pays ont annoncé des efforts similaires. La Grande-Bretagne a établi il y a plus d'un mois un consortium de séquençage financé à environ 25 millions de dollars, et la semaine dernière, le Canada a fait de même, promettant environ 30 millions de dollars en soutien gouvernemental. AC DC. La porte-parole a déclaré que le financement du projet américain était «en cours d'élaboration». L'effort est basé au Bureau de la détection moléculaire avancée du C.D.C. Duncan MacCannell, directeur scientifique de l'unité, a déclaré que le séquençage génomique et les technologies connexes avaient "fondamentalement changé la façon dont la santé publique réagit en termes de surveillance et de riposte aux épidémies". Il a déclaré que de nombreux membres du consortium étaient nouveaux sur le terrain et n'étaient pas des participants traditionnels dans les efforts de santé publique. Ils «commençaient à séquencer», a-t-il dit, et «avaient besoin d'une certaine coordination». Certains laboratoires de santé publique effectuent un travail rapide et ciblé, en appliquant leurs résultats aux enquêtes sur le terrain et en aidant à guider la lutte contre les infections. D'autres laboratoires impliqués dans le nouveau groupe, tels que LabCorp et Quest Diagnostics, ont une large portée nationale, permettant des études plus larges qui pourraient aider les responsables à comprendre la transmission du virus et sa prévalence dans la population au fil du temps. MacCannell a déclaré que les États-Unis coordonneraient leurs efforts avec des partenaires internationaux, y compris dans les régions du monde où il y avait moins de ressources pour les tests.