Mardi 1 Decembre 2020

Les épidémies de coronavirus ont commencé plus tard que prévu, selon une étude


Les premières infections à coronavirus confirmées en Europe et aux États-Unis, découvertes en janvier, n'ont pas enflammé les épidémies qui ont suivi, selon une analyse approfondie de centaines de génomes viraux. conclu. Le calendrier révisé pourrait clarifier les ambiguïtés persistantes concernant l'arrivée de la pandémie.

Par exemple, alors que le président Trump a souvent affirmé qu'une interdiction des voyageurs en provenance de Chine empêchait l'épidémie de s'aggraver, les nouvelles données suggèrent que le virus qui a déclenché l'épidémie de l'État de Washington est arrivé environ deux semaines après l'interdiction, le 2 février, et les auteurs soutiennent que l'émergence relativement tardive de l'épidémie signifie que davantage de vies auraient pu être sauvées grâce à une action précoce, comme les tests et la recherche des contacts. le dernier mot. La compréhension scientifique du coronavirus évolue presque quotidiennement, et ce type de recherche donne une gamme de résultats possibles, sans certitude complète.

Les épidémies de coronavirus ont commencé plus tard que prévu, selon une étude

De nombreuses infections dans l'État de Washington semblent s'être produites au début de février, et d'autres modèles suggèrent que l'épidémie y a commencé plus près de Mais un certain nombre d'experts en virus ont déclaré que le nouveau rapport exclut de manière convaincante un lien entre les premiers cas confirmés et les flambées ultérieures. "Ce document montre clairement que cela ne s'est pas produit", a déclaré Kristian Andersen, biologiste au Scripps Research Institute de San Diego, qui n'était pas impliqué dans la recherche.Michael Worobey, biologiste évolutionniste à l'Université de l'Arizona, et ses collègues ont publié une version préliminaire de leur étude en ligne samedi.

Il n'a pas encore été publié dans une revue scientifique. Les virus développent des mutations génétiques à un rythme à peu près régulier à mesure qu'ils se multiplient. Les scientifiques peuvent utiliser ces mutations pour reconstruire le mouvement d'un virus à travers une population et pour estimer le début d'une épidémie dans une région.

Le premier cas de coronavirus confirmé aux États-Unis était un homme qui a volé de Chine vers l'aéroport international de Seattle-Tacoma en janvier. 15. Les chercheurs ont séquencé le génome de son virus, connu sous le nom de WA1.

L'homme, qui vivait dans le comté de Snohomish, a été hospitalisé en isolement et s'est rétabli. Le 24 février, un adolescent Snohomish présentant des symptômes de type flulike a également été testé positif pour le coronavirus.Trevor Bedford, généticien à l'Université de Washington et au Fred Hutchinson Cancer Research Center, et ses collègues ont découvert que ce génome viral était presque identique à WA1, à l'exception de deux nouvelles mutations.

Ils ont appelé le deuxième virus WA2.Alarmés, lui et ses collègues ont conclu que l'explication la plus probable de la légère différence était que WA1 avait circulé dans l'État de Washington pendant six semaines, gagnant les mutations en cours de route, ce qui impliquait qu'il pourrait y avoir des centaines des personnes déjà infectées dans l'État, ouvrant la voie à une explosion de cas. Les responsables ont réagi à la nouvelle avec des mesures agressives que les experts en santé publique attribuent à la maîtrise de l'épidémie.

Au départ, le Dr Worobey a trouvé les travaux du Dr Bedford et de ses collègues "sacrément convaincants". Mais au fil du temps, a-t-il déclaré dans une interview, «quelque chose dans mon esprit a commencé à s'éloigner». Les virus sont beaucoup plus sujets aux mutations génétiques que les autres êtres vivants.

Mais au fur et à mesure que les virus disparaissent, le nouveau coronavirus est un slowpoke - beaucoup plus stable que les virus de la grippe, par exemple.Il semblait peu probable au Dr Worobey que le coronavirus ait gagné deux mutations en quelques semaines seulement. ses collègues ont examiné des centaines de génomes de coronavirus de l'État de Washington.

Aucun des génomes ne correspondait à WA1. Ils ont tous partagé les deux mutations trouvées dans WA2.Dr.

Worobey et ses collègues ont décidé de jeter un œil supplémentaire. Ils ont rejoué l'épidémie des milliers de fois sur un ordinateur exécutant un programme qui simule ce que nous savons jusqu'à présent sur la façon dont le nouveau coronavirus se propage et se mute.Lorsque les chercheurs ont modélisé WA1 comme la source de l'épidémie de l'État de Washington, l'ordinateur n'a pas pu reproduire le virus mutations trouvées dans les semaines suivantes.

Il était presque impossible pour WA1 d'avoir semé l'épidémie, ont décidé les scientifiques.Il était beaucoup plus probable que le groupe de virus WA2 ait été introduit à Washington en provenance de Chine vers le 13 février et déclenché l'épidémie.Beaucoup ont été admis selon les règles qui exempte les citoyens américains et autres.

Ils ont été acheminés vers quelques hubs internationaux, dont l'aéroport international de Seattle-Tacoma. Worobey a émis l'hypothèse que le virus qui a déclenché l'épidémie de l'État est arrivé par cette voie, ou peut-être dans la région de Seattle via Vancouver. Il n'y avait pas de propagation furtive de la communauté du coronavirus en janvier dans l'État, a conclu l'analyse; l'épidémie a commencé peu de temps après l'arrivée du virus qui l'a provoqué.

Dans une interview, le Dr Bedford a déclaré de la nouvelle recherche: "Je pense que c'est une façon très intelligente de faire les choses." Sur Twitter, il a accepté de nombreuses conclusions: "Je crois que j'avais tort dans l'évaluation initiale d'une introduction WA1", a-t-il écrit. Le Dr Bedford et ses collègues ont toujours poursuivi leur propre étude sur l'épidémie de l'État de Washington, et ils estime maintenant qu'il a commencé vers le 1er février - environ deux semaines plus tôt que l'estimation du Dr Worobey.

Bedford a estimé qu'il était peu probable qu'un virus apparu vers le 13 février puisse provoquer une importante épidémie d'ici la fin du mois. Mais l'équipe du Dr Worobey a trouvé un schéma similaire dans l'arrivée du nouveau coronavirus en Europe. Le 20 janvier, une femme qui avait voyagé de Chine en Allemagne a rencontré ses collègues d'une entreprise de fourniture d'automobiles.

Elle n'a pas réalisé qu'elle était malade et a infecté un homme lors de la réunion.Les scientifiques ont rassemblé la signature génétique de ce virus et l'ont appelé BavPat1. Ce virus s'est propagé à 16 personnes dans l'entreprise - mais a ensuite disparu.

Fin février, l'Italie a connu la première épidémie en Europe. Les scientifiques ont découvert que les coronavirus étaient génétiquement très proches de BavPat1, ce qui laisse soupçonner qu'un voyageur allemand avait amené le virus en Italie, ce qui n'est pas le cas, selon l'analyse du Dr Worobey. Selon les simulations informatiques, une autre introduction du coronavirus en provenance de Chine était probablement responsable, et il est peut-être arrivé au début ou à la mi-février.

"La lignée est arrivée en Europe et s'est déchaînée", a déclaré le Dr Worobey. ligne a ensuite sauté de l'Europe à New York plusieurs fois, le Dr Worobey et ses collègues ont trouvé, confirmant les études précédentes. Ils ont estimé que les coronavirus circulant dans la ville en mars avaient été introduits dans la ville vers le 20 février.

Dans le monde entier, la nouvelle étude suggère que le coronavirus est arrivé plus d'une fois sans déclencher de foyers d'emballement. Dans ces cas, il y avait peu ou pas de transmission, et le virus était tout simplement mort. Pour le Dr Worobey, le temps avant le déclenchement de la pandémie aux États-Unis était une occasion manquée, lorsque les tests et la recherche des contacts auraient pu faire une grande différence.

«Il a fallu des semaines avant que le virus ne prenne vraiment pied», a-t-il déclaré. «Cela commence à faire que ces faux pas semblent beaucoup plus conséquents.» L'étude est «une analyse très minutieuse et rigoureuse de ce que nous pouvons et ne pouvons pas dire des épidémies américaines et européennes à partir de données génomiques», a déclaré Edward Holmes, virologue.

à l'Université de Sydney qui n'a pas participé à l'étude. "Pour moi, tout cela met en évidence les défis de tirer des conclusions solides sur les introductions de virus et la propagation sur la base de données limitées." Cette vue mise à jour de l'histoire de la pandémie est exactement comment la science est censée fonctionner, a déclaré le Dr Andersen de Scripps Research.

Les scientifiques recherchent la meilleure interprétation des données - puis continuent de chercher. Mais il peut être troublant pour le public de regarder le consensus scientifique changer en temps réel. "Nous devons vivre avec cette incertitude", a déclaré le Dr Andersen.