Mardi 22 Septembre 2020

Les systèmes d'égouts sont une fenêtre sur la pandémie de coronavirus


Compte tenu des limites des tests COVID-19, il est difficile de savoir combien de personnes sont réellement atteintes de la maladie, certains experts en santé publique se tournent vers les réseaux d'égouts pour obtenir un aperçu plus clair.
«Les eaux usées sont une source d'informations sur la santé humaine et peuvent vraiment être transformées en observatoire de santé publique», explique Newsha Ghaeli, président et co-fondateur de Biobot, une startup qui analyse les eaux usées.
La surveillance des maladies par les eaux usées est une stratégie relativement nouvelle, mais elle a déjà été en mesure de prédire les flambées potentielles de maladies avant l'apparition des cas. En Israël, par exemple, des responsables ont trouvé le poliovirus dans les égouts en 2013 et organisé une campagne de vaccination en réponse. La recherche montre que le nouveau coronavirus se trouve dans les fèces, c'est donc un bon candidat pour cette approche.
En collaboration avec des chercheurs du Massachusetts Institute of Technology, de Harvard et du Brigham and Women’s Hospital, Biobot a analysé des échantillons d’eaux usées prélevés au Massachusetts à la mi-mars. Sur la base de la quantité de virus, il a prédit qu'il y avait quelques milliers de personnes infectées dans la région. À l'époque, il n'y avait qu'un peu plus de 400 cas confirmés. Actuellement, il y en a près de 40 000.
Aujourd'hui, Biobot analyse des échantillons provenant de plus de 100 installations de traitement des eaux usées dans 30 États. Ghaeli a déclaré à The Verge qu'elle espérait que les données pourraient donner aux communautés locales un instantané de leur épidémie et les aider à déterminer quand il était sûr de desserrer les recommandations de distanciation.
Cette interview a été légèrement modifiée pour plus de clarté. Sur quoi l'entreprise se concentrait-elle avant la pandémie de COVID-19? Nous avons posé autant de questions au gouvernement et aux responsables de la santé publique que possible: quelle est votre plus grande préoccupation de santé publique? La réponse a été l'épidémie d'opioïdes, très répandue ici en Amérique du Nord. Nous avons concentré notre premier produit autour de cela, qui était, jusqu'à il y a deux mois, l'une des plus grandes préoccupations de santé publique aux États-Unis. Nous avons lancé notre produit opioïde à la fin de 2018, et à partir de là, nous étions passés à environ sept communautés pour échantillonner les niveaux d'opioïdes.
Nous avons recherché de l'héroïne, du fentanyl, des analogues du fentanyl et une douzaine de médicaments opioïdes sur ordonnance spécifiques. Mais nous avons également mesuré la méthadone et la suboxone, qui sont des thérapies de substitution, et le Narcan, le médicament d'inversion de surdose, pour comprendre leur mise à jour dans une communauté. Si une communauté ouvre une nouvelle clinique de méthadone, vous voudriez voir la consommation de méthadone augmenter. Pourquoi avez-vous décidé de vous lancer dans la surveillance COVID-19? Lorsque l'ampleur de l'épidémie de coronavirus est devenue claire ici aux États-Unis et dans le monde, nous savions qu'en tant qu'entreprise, nous devions réagir. C’est pourquoi nous avons lancé Biobot. Nous avons commencé un partenariat avec un laboratoire du MIT, avec d'autres chercheurs de Harvard et Brigham and Women’s Hospital à Boston, afin de développer réellement les méthodes et les protocoles pour mesurer le virus dans les eaux usées. Qu'avez-vous trouvé lorsque vous avez commencé à examiner des échantillons d'eaux usées pour le coronavirus? Fin mars, nous avons publié un document décrivant les travaux sur les échantillons prélevés dans la région du Massachusetts. Nous avons réussi à détecter le virus et à commencer à quantifier la quantité de virus que nous voyions. À partir de là, nous proposons une estimation du nombre d'individus que nous pensons être infectés par le virus et contrastons cela avec le nombre de cas confirmés.
Nous savions alors que cette source de données serait extrêmement complémentaire des données sur les patients confirmés. Les services de santé publique pourraient utiliser ces informations pour affiner leur réponse et comprendre la véritable portée et l'ampleur de l'épidémie. Cela pourrait également les aider à évaluer quand et comment commencer à réduire les politiques et recommandations de politique de style quarantaine. Les experts en santé publique disposent d'autres outils pour estimer la véritable prévalence du COVID-19 dans une communauté, comme les tests d'anticorps, qui peuvent indiquer combien de personnes ont été malades. Comment l'analyse des eaux usées s'intègre-t-elle à ces autres techniques? Il est important d'examiner différentes sources de données, car chaque source différente peint une sorte de vignette distincte de l'épidémie. Nous avons besoin de toutes ces vignettes afin de gérer cette crise aussi efficacement que possible.
En ce qui concerne les estimations de la prévalence des eaux usées, il n'y a aucune incidence sur la vie privée et les données ne sont pas protégées par la HIPAA. Par conséquent, il peut être partagé beaucoup plus efficacement entre les équipes d'intervention, ce qui le rend important en tant que couche de données.
Une autre chose à laquelle nous pouvons penser avec les données sur les eaux usées est, par exemple, pourquoi avons-nous ces écarts lorsque les cas cliniques sont si bas lorsque ces données provenant des scies des eaux usées devraient être élevées? L'une des raisons est évidemment que les tests individuels sont limités, donc tous ceux qui sont malades n'ont pas accès à un test. Les analyses des eaux usées pourraient également tenir compte des personnes asymptomatiques ou des personnes présentant des symptômes très légers. Ce sont des gens qui ne cherchent même pas à se faire dépister, mais ils éliminent toujours le virus et ils utilisent toujours les toilettes - ils apparaissent donc dans nos échantillons. COVID-19 est un problème dans tout le pays, pas seulement au Massachusetts. Comment développez-vous le programme? Nous avons lancé une campagne de sollicitation d'échantillons d'eaux usées dans des installations de traitement des eaux usées aux États-Unis. C'est pro bono. Nous demandons simplement que les installations de traitement paient les frais d'expédition des échantillons. Nous collectons des échantillons dans plus de 100 emplacements aux États-Unis, représentant environ 30 États. Presque tous les participants envoient des échantillons hebdomadaires. L'espoir est que ces données vont commencer à montrer où l'épidémie a tendance et où nous en sommes dans cette courbe. Que voyez-vous dans ces données jusqu'à présent? Nous générons des données sur une base continue et les partageons directement avec les installations de traitement des eaux usées qui ont bouclé les services de santé locaux et les équipes d'intervention COVID. Nos données sont plus ou moins en corrélation avec les classements de cas cliniques ou les points chauds aux États-Unis dans les sites limités que nous testons. Biobot va-t-il continuer à suivre les maladies infectieuses même après la fin des épidémies de coronavirus? Même avant l'épidémie de COVID, nous savions que nous voulions éventuellement travailler dans les maladies infectieuses ainsi que continuer avec le produit opioïde. Je pense que c'est ce qui est si génial avec cette technologie: nous n'avons pas besoin de choisir un problème de santé publique plutôt qu'un autre. Nous pouvons en fait examiner des données sur plusieurs priorités de santé publique différentes à la fois. Tout est contenu dans cette même source de données.