Jeudi 26 Novembre 2020

Un test de coronavirus peut être développé en 24 heures. Alors, pourquoi certains pays ont-ils encore du mal à diagnostiquer ?


À des milliers de kilomètres de là, à Berlin, le scientifique allemand Olfert Landt était déjà en alerte. Pendant 30 ans, il a travaillé sur le diagnostic de maladies émergentes, dont le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS). Il voulait faire un kit de test pour aider les médecins à diagnostiquer la maladie - et il voulait le faire rapidement. Les virologues attendent généralement que le matériel génétique d'un nouveau virus soit séquencé pour commencer à travailler sur un test. Cette fois, Landt et sa société de 30 personnes, TIB Molbiol, ont commencé tôt. Le 9 janvierils avaient conçu leur premier kit de test en utilisant le SRAS et d'autres coronavirus connus comme références.Avec des scientifiques d'un hôpital universitaire local, il a conçu trois kits, ce qui signifie qu'une fois la séquence publiée, ils pourraient choisir celui qui fonctionnait le mieux. Le 11 janvier, Landt a envoyé son kit aux centres de contrôle des maladies de Taiwan et à l'entreprise de diagnostic Roche à Hong Kong. Il ne savait pas avec certitude que cela fonctionnerait, et il n'avait même pas préparé d'instructions. Pendant le week-end, il a élaboré un manuel et l'a envoyé par courrier électronique. "Nous avons dit, écoutez, vous avez six tubes sans instructions", se souvient-il. "Donnez-les au laboratoire de test, vous pouvez tester les patients avec cela." Au final, le test qu'il a envoyé était parfait, a-t-il dit. Le 17 janvier, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a publié le protocole de Landt en ligne, ce qui en fait le premier test partagé par l'organisation. Landt estime qu'il a fabriqué quatre millions de tests à la fin du mois de février et 1,5 million de tests supplémentaires chaque semaine depuis. Chaque kit - qui comprend 100 tests - s'est vendu au moins 160 euros (173 $) chacun à des clients en Arabie saoudite, en Afrique du Sud, en Australie, en Europe, ses deux enfants adultes aidant à étiqueter et à emballer les kits. Sa femme, qui travaille pour l'entreprise depuis 15 ans, est également impliquée. "Je ne travaille pas pour de l'argent. Je prends l'argent, oui, c'est juste, nous faisons du bon travail", a-t-il déclaré. "Mais en fin de compte, nous n'avons pas besoin d'argent." Lorsqu'il s'agit de stopper la propagation d'une pandémie, les tests sont essentiels. Si une personne est diagnostiquée, elle peut être isolée des autres et traitée de manière appropriée. Comme l'a déclaré plus tôt ce mois-ci le directeur général de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus: "Nous avons un message simple pour tous les pays: test, test, test." Mais près de trois mois après que Landt a remarqué pour la première fois des rapports sur une maladie mystérieuse, les pays du monde entier sont toujours du mal à tester Covid-19, la maladie infectieuse causée par un nouveau roman coronavirus. Certains tests sont inexacts, d'autres ont pris beaucoup de temps à créer, et maintenant les sociétés de test avertissent qu'elles manquent dangereusement de matériaux, ce qui soulève une question importante: si un test peut être développé si rapidement, pourquoi certains pays éprouvent-ils encore des difficultés?

Les premiers designs

À Hong Kong, le virologue Leo Poon regardait également les événements se dérouler en janvier. Comme Landt, il avait travaillé sur les maladies émergentes pendant des années. En 2003, c'est son équipe de scientifiques de l'Université de Hong Kong (HKU) qui a identifié que le SRAS, qui était apparu l'année précédente en Chine continentale, était un coronavirus. "Parce que nous avons vécu tous ces événements dans le passé, nous savons combien il est important d'avoir un test de diagnostic fonctionnel", a-t-il déclaré. "C'est pourquoi nous avons essentiellement essayé de faire le travail le plus tôt possible." Mais contrairement à Landt, Poon a attendu la séquence. Toutes les formes de vie ont un type de molécule qui porte leurs instructions génétiques. Chez l'homme, et la plupart des formes de vie, c'est l'ADN - le matériel génétique qui nous dit de faire pousser deux jambes et de marcher droit. Au lieu de l'ADN, de nombreux virus - y compris l'hépatite, Ebola et la rage - ont de l'ARN, ou de l'acide ribonucléique, qui, comme l'ADN, est un acide nucléique qui transporte des informations génétiques. De l'autre côté de la frontière de Hong Kong en Chine continentale, les scientifiques travaillaient pour identifier l'ARN du nouveau virus. Selon un article paru dans le magazine chinois Caixin, le nouveau virus désormais connu sous le nom de SARS-CoV-2 a peut-être été principalement séquencé dès le 27 décembre. Mais ce n'est que le 11 janvier que le génome séquencé a été publié sur open- site source virological.org pour le compte de Zhang Yongzhen, professeur à l'Université Fudan de Shanghai. Les autorités chinoises ont partagé la séquence le 12 janvier. Une fois que Zhang a partagé la séquence, l'équipe de Poon a commencé à travailler. Tout d'abord, ils ont examiné l'ARN du nouveau coronavirus et ont décidé que leur test viserait des parties du code similaires à l'ARN du coronavirus du SRAS - des parties qui seraient moins susceptibles de muter, car elles étaient essentielles au virus . Ensuite, ils ont conçu le test. La méthode standard pour détecter un virus utilise une technique appelée amplification en chaîne par polymérase (PCR). Inventée dans les années 1980, la PCR est utilisée pour un large éventail de choses, allant de l'identification de l'ADN d'un suspect sur une scène de crime, à la vérification de l'infection d'une récolte de fruits par un virus.Les tests de PCR sont composés d'ingrédients appelés réactifs, qui inclure des amorces et des sondes. Avant d'exécuter un test de PCR, l'ARN d'un virus doit être transformé en copie d'ADN. Ensuite, les amorces recherchent les régions cibles au sein d'un gène. S'ils trouvent les cibles génétiques, ces régions sont copiées encore et encore, a expliqué Maureen Ferran, professeure agrégée de biologie au Rochester Institute of Technology. Chaque fois qu'une copie de l'ADN est faite, de la lumière sera émise. S'il y a beaucoup de lumière, cela indique la présence du matériel génétique qui identifie le virus - ce qui signifie qu'une personne a été testée positive pour le virus. La plupart des kits ont au moins deux cibles génétiques, pour améliorer la fiabilité du résultat.

Un test de coronavirus peut être développé en 24 heures. Alors, pourquoi certains pays ont-ils encore du mal à diagnostiquer ?

  • La course aux tests

  • 2019
                        
                        
                        
                            31 décembre: Des cas de pneumonie détectés à Wuhan, en Chine, sont d'abord signalés à l'OMS.

  • 2020
                        
                        
                        
                            5 janvier: la Chine annonce que les cas de pneumonie inconnus à Wuhan ne sont ni le SRAS ni le MERS.
                            7 janvier: les autorités chinoises confirment avoir identifié le virus comme un nouveau coronavirus, initialement nommé 2019-nCoV par l'OMS.
                            11 janvier: Le génome séquencé est publié sur le site open source virological.org.
                            La Wuhan Municipal Health Commission annonce le premier décès causé par le coronavirus.
                            Le scientifique berlinois Olfert Landt et son équipe envoient leur kit de test à Hong Kong et à Taiwan.
                            12 janvier: les autorités chinoises partagent la séquence le 12 janvier.
                            16 janvier: des scientifiques de l'Université de Hong Kong soumettent leur trousse à l'Organisation mondiale de la santé.
                            17 janvier: Un haut responsable de la santé dit que les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis ont fait leur propre test, sans utiliser les protocoles publiés par l'OMS.
                            11 février: L'OMS nomme le coronavirus Covid-19.

  • Sources: rapports CNN, Organisation mondiale de la santé

      Tout cela se déroule à petite échelle - dans des tubes à essai, au sein d'une machine de diagnostic. La machine de diagnostic mesure le niveau de lumière et le compare avec le contrôle positif - généralement un échantillon du virus. Si le contrôle positif n'est pas positif, les scientifiques sauront que le test ne fonctionne pas. Le développement d'un test n'est pas difficile, selon Nathan Grubaugh, professeur adjoint d'épidémiologie à la Yale School of Medicine. L'astuce consiste à s'assurer qu'il ne détecte pas d'autres virus également. Dans les six jours suivant l'obtention de la séquence, Poon a passé un test de travail. Comme le kit de Landt, le test de Poon peut détecter le SRAS et Covid-19. Poon dit que ce n'est pas un problème, car il n'y a pas actuellement d'épidémie de SRAS. Au cours des mois qui ont suivi, Poon a envoyé des tests gratuitement dans plus de 40 pays à travers le monde, dont l'Égypte et le Cambodge. Chaque pays ne reçoit qu'un seul kit, qui coûte entre 4 000 et 5 000 dollars de Hong Kong (515 $ à 644 $) et peut être utilisé pour tester 100 échantillons. Certains pays, comme le Népal, ont envoyé leurs échantillons à l'Université de Hong Kong pour les tester. L'idée est de "gagner du temps" pour les pays, afin qu'ils aient un test tout en mobilisant des ressources pour créer les leurs. Mais alors que des entreprises comme TIB Molbiolfont de l'argent avec leurs kits, Poon et son équipe ont réaffecté des fonds d'autres projets à leurs kits de test Covid-19, et travaillent essentiellement gratuitement. "Nous n'avons pas d'argent, nous n'avons aucune ressource", a déclaré Poon. "Nous le distribuons simplement de notre bonne volonté." D'autres, aussi, ayant donné gratuitement des informations vitales. L'OMS répertorie sept protocoles sur son site Web - ce sont essentiellement des guides pratiques pour les scientifiques qui souhaitent créer leur propre kit de test. Les tests de Landt et de Poon sont présentés en détail. "La question (de la propriété intellectuelle) n'est pas ce dont nous nous soucions dans cette crise de santé publique", a déclaré M. Poon. "Ce qui nous pousse à faire ce travail, c'est d'essayer de réagir à ces infections émergentes afin de pouvoir sauver plus de vies. "

    Faire un nouveau test - ou utiliser un test préexistant

    À la mi-janvier, à Gisborne, une ville ensoleillée sur la côte de la Nouvelle-Zélande, John Mackay a reçu une demande du Laboratoire national de référence du gouvernement - il avait besoin d'acheter du matérielpour détecter le coronavirus. Mackay, le directeur technique du laboratoire de diagnostic Dnature, a envoyé un courriel à Landt. "Olfret, si cela se passe comme le SRAS, je suppose que vous avez les kits assis sur l'étagère prêts à partir immédiatement", se souvient-il avoir écrit cet après-midi. Dans une demi-heure, Landt a répondu, malgré le fait qu'il soit tôt le matin, heure de Berlin. "Oui, vous en voulez?" "Le gars est un bourreau de travail complet", a déclaré Mackay à propos de Landt. "C'est un gars phénoménal." Les kits ont été envoyés en Nouvelle-Zélande, et environ un mois avant que le pays n'ait son premier cas, les autorités étaient prêtes à tester. C'était une situation similaire en Australie. Comme la Nouvelle-Zélande, ils n'avaient aucun échantillon du virus, ils ont donc fait référence à des tests développés à l'étranger, selon William Rawlinson, directeur de la sérologie, de la virologie et des laboratoires OTDS, qui dirige une grande partie des tests dans l'État australien de la Nouvelle-Galles du Sud. Avant même que l'Australie n'ait son premier cas, elle avait des kits. D'autres pays ont décidé de faire cavalier seul. L'un des premiers tests a été développé en Chine continentale par le Center for Disease Control du pays. Le 24 janvier, son protocole avait été affiché sur le site Web de l'OMS. Mais alors que l'épidémie faisait rage en Chine continentale au début du mois de février, un certain nombre de personnes ont été testées négatives, pour ensuite être testées positives. Dans un rapport paru dans le journal d'État chinois China Daily, Gao Zhancheng, chef du département des soins respiratoires et des soins intensifs à l'hôpital populaire de l'Université de Pékin, a déclaré qu'un certain nombre de facteurs auraient pu avoir un impact sur le test en plus du test lui-même, y compris la façon dont les médecins ont prélevé l'échantillon, et Au départ, la Chine semblait également aux prises avec une pénurie de kits de test PCR - à tel point que le ministère chinois des Sciences et de la Technologie a appelé à des recherches sur d'autres types de tests, selon les médias officiels Xinhua. Certaines personnes ont été obligées d'attendre pour subir un test car le système de santé chinois était tendu par l'épidémie. Aux États-Unis, il y avait également des problèmes. Le 17 janvier, le même jour que l'OMS a publié le protocole de Landt, un haut responsable de la santé a déclaré que les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis avaient fait leur propre test, sans utiliser les protocoles publiés par l'OMS, a annoncé l'agence le 5 février. qu'il commencerait à expédier des kits. Peu de temps après, certains laboratoires ont signalé que les tests ne fonctionnaient pas, ce qui signifiait que certains devaient être reconstruits. Il n'est pas clair comment le défaut s'est produit.

    Pourquoi le monde a besoin de plusieurs kits de test

    Il est facile de voir comment les premiers travaux de Landt et Poon ont aidé d'autres pays à gagner du temps et à se préparer à une épidémie. Mais ni Landt ni Poon n'ont la capacité de faire suffisamment de tests pour le monde entier. Et il existe également d'autres raisons pour lesquelles le monde a besoin de plusieurs kits de test. D'une part, les scientifiques ne savent pas avec certitude au début que leur test fonctionnera. Aux États-Unis, par exemple, le défaut de fabrication a créé un retard dans les tests - si tout le monde dans le monde s'était appuyé sur ce seul test, cela aurait créé un problème encore plus grave. Un autre problème est que le virus pourrait potentiellement muter de telle manière qu'un kit ne fonctionne plus. Si un test cible le gène "N" de Covid-19, par exemple, et que le virus mute de sorte que le gène n'existe plus, alors le kit ne détectera pas le virus. Une autre considération est qu'un test qui fonctionne dans un pays peut ne pas fonctionner dans un autre, a déclaré Rawlinson. Si, par hypothèse, la présence de la dengue a provoqué un échec du test et qu'un pays avait un taux élevé de dengue, alors il pourrait y avoir un taux élevé de faux négatifs, a-t-il déclaré. Avoir une gamme de tests met également moins de pression sur un fabricant ou une chaîne d'approvisionnement, car différents fournisseurs peuvent utiliser différents matériaux. Aux États-Unis, par exemple, des responsables médicaux ont déclaré qu'ils manquaient de fournitures de test, y compris des swaps, des réactifs et des pipettes - les outils pour transporter des liquides. La pénurie a contraint le Minnesota et l'Ohio à limiter les tests aux patients les plus vulnérables. Le distributeur de tests japonais Kurabo, qui effectue un type de test différent à la recherche d'anticorps, affirme que son test ne prend que 15 minutes pour donner un résultat - et utilise des échantillons de sang plutôt que des échantillons tamponnés.Le fournisseur de tests Roche Diagnostics Corporation dit qu'il distribue 400000 tests par semaine aux laboratoires aux États-Unis, mais cela ne suffit pas pour suivre la demande. "Au plus fort de toute urgence sanitaire mondiale, la demande l'emportera sur l'offre", a déclaré le porte-parole de la société, Michael Weist. Ferran a déclaré que les tests auraient pu changer le taux d'infection aux États-Unis. "Si nous avions eu de meilleurs tests au début, nous aurions pu vraiment changer le taux de mais nous ne pouvons pas revenir en arrière ", a-t-elle déclaré. "Nous devons simplement aller de l'avant et apprendre de cela et que cela ne se reproduise plus."

    Au-delà des kits de test

    Autrement dit, certains pays ont gaspillé l'occasion de préparer ce que les premiers travaux de Poon et Landt leur ont donné. Les États-Unis et le Royaume-Uni ont été critiqués pour leur lenteur à tester et pour ne pas avoir testé suffisamment de personnes. Les centres américains de contrôle des maladies et les laboratoires de santé publique ont testé plus de 71 000 échantillons, selon le site Web du CDC, bien que le vice-président Mike Pence ait déclaré dimanche que 254 000 Américains avaient été testés jusqu'à présent. Au 22 mars, le Royaume-Uni avait testé 72 818 personnes, ce qui contraste fortement avec l'approche d'autres pays. Dans la petite nation insulaire d'Islande, les autorités sanitaires ont entrepris un dépistage complet. Au 21 mars, plus de 9 700 des 350 000 habitants du pays avaient été testés. En Corée du Sud, le gouvernement a rendu les tests incroyablement accessibles, y compris dans les laboratoires au volant. Cela a permis au pays de tester plus de 300 000 personnes sur ses 52 millions d'habitants. Et en Nouvelle-Zélande, où il y a 102 cas confirmés, environ 1% à 2% des tests reviennent positifs, contre 5% au Royaume-Uni et 13% aux États-Unis, selon le directeur général de la santé du ministère de la Santé, Ashley Bloomfield. "Nous effectuons beaucoup de tests en comparaison", a-t-il déclaré. "Nous voulons trouver les cas, c'est pourquoi nous testons là où il y a des soupçons." Poon dit qu'il y a un certain nombre de raisons pour lesquelles certains pays ont été lents à tester - certains sont pratiques, d'autres administratifs. Les tests nécessitent du personnel qualifié, le bon équipement et les bons matériaux - un manque de ceux-ci pourrait retarder les tests. Aux États-Unis, il y a eu un cercle bureaucratique supplémentaire. Dans certains pays, les tests peuvent être utilisés presque immédiatement en raison de règles différentes concernant les maladies émergentes. Au début, aux États-Unis, tous les tests nécessitaient l'autorisation de la Food and Drug Administration (FDA). Le 28 février, plus de 100 virologues et autres spécialistes ont écrit une lettre au Congrès indiquant que de nombreux laboratoires avaient validé les tests pour le coronavirus mais qu'ils ne pouvaient pas les utiliser en raison du protocole de la FDA pour autoriser les tests pendant les épidémies. La FDA a désormais autorisé les entreprises à fabriquer et à expédier les tests avant de recevoir la permission. Grâce aux règles assouplies, les entreprises privées ont pu accélérer leur réponse. La société américaine Quest Diagnostics, par exemple, a lancé son nouveau test le 9 mars et prévoit pouvoir effectuer 280 000 tests par semaine début avril. En revanche, en Corée du Sud, une entreprise a pu faire approuver son test en une semaine. Pour des gens comme Landt, l'inaction des politiciens est frustrante: il se souvient d'avoir été à l'opéra début février, alors que très peu de personnes avaient été infectées à Munich, et d'avoir approché le ministre allemand de la Santé, qu'il y a vu par hasard. "Vous devriez dire au public que c'est une mauvaise maladie", se souvient-il. "Ne leur dites pas que c'est seulement quelque chose en Chine." Mais le gouvernement allemand a été lent à prendre des mesures vitales, telles que la réduction des contacts sociaux. Il compte désormais plus de 29 000 cas confirmés. "Le virus doit voyager", a déclaré Landt, expliquant si le virus tue l'hôte, ou si le système immunitaire de l'hôte tue le virus, de toute façon, le virus devra trouver une autre personne à infecter pour rester en vie."Si vous réduisez votre contact avec d'autres personnes, le virus ne peut plus voyager ... Une personne infectée infectera une ou deux autres personnes, c'est donc comme une bombe atomique, c'est une courbe exponentielle", a-t-il déclaré. "Ce n'est qu'avec des tests que nous pouvons identifier les personnes et les isoler pour éviter qu'elles ne se propagent à d'autres personnes." Yoko Wakatsuki et Rebecca Wright de CNN ont fourni des informations supplémentaires depuis Tokyo.